Santo Domingo de Guzmán es el ideal de vida para el P. Luis Bertrán. El espíritu misionero se impone en su vida y comienza una nueva etapa y una nueva aventura. Tiene 36 años. El 14 de febrero de 1562 parte rumbo al Nueva Granada, la actual Colombia. A lo largo de 7 años es un misionero infatigable que cautiva con el ejemplo de su vida.
Su campo de misión hay que situarlo más allá de Cartagena de Indias, en el área montañosa de Santa Marta y, más en concreto, en torno a Tubará. Su vida ejemplar y su fidelidad al Evangelio chocan con la ambición y con los abusos de los encomenderos cuya vida era ganar y ganar pasando por encima de las personas y de sus elementales derechos.
Es elegido Prior del Convento de Santa Cruz de Bogotá. Después de consultar con su hermano de Orden y gran figura de la evangelización de América, Fray Bartolomé de las Casas, regresa a España en 1.569.
Al año siguiente es elegido Prior del Convento de San Onofre de Museros. Al terminar su trienio, los superiores le vuelven a encargar la formación del Noviciado. Permanece al frente hasta el 15 de mayo de 1.575 en que es elegido Prior del Convento de Valencia. Concluido el período, una vez más, los superiores vuelven a nombrarle Maestro de Novicios.
San Luis Bertrán alcanza fama de santidad y de hombre de Dios en todas las clases sociales. Mantuvo correspondencia con Santa Teresa de Jesús y con San Juan de Ribera, Arzobispo de Valencia.
Después de larga y penosa enfermedad muere en su ciudad natal el 9 de octubre de 1581. Tenía 55 años de edad.
Fue beatificado por Pablo V el 19 de julio de 1608 y 63 años más tarde, el 12 de abril de 1671 es canonizado por el Papa Clemente X.